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Hohe Düne befindet sich im Norden des Stadtgebiets von Rostock gegenüber von Warnemünde auf der Ostseite des Neuen Stroms, der Mündung der Unterwarnow, zwischen Ostsee und Breitling.

Seinen Namen erhielt der Ort von der Hohen Düne, die früher etwa einen Kilometer östlich der Warnowmündung an der Ostsee lag.

Der Ortsteil wird durch den Marinestützpunkt der Deutschen Marine, durch die 25 Meter hohe Lotsenstation am Seekanal und einen Yachthafen mit Hotel geprägt.

Hohe Düne erreicht man mit einer Autofähre von Warnemünde oder über die L22 von Osten über Hinrichshagen und Markgrafenheide.